Załoga SS zasadniczo składała się z dwóch członów organizacyjnych: komórek administracji w formie siedmiu Wydziałów (schemat poniżej) oraz kompanii wartowniczych wchodzących w skład Batalionu Trupich Główek (SS-Totenkopfsturmbann) Auschwitz.
Batalion ten posiadał własnego dowódcę (Friedricha Hartjensteina), któremu ponadto podlegał nieliczny personel pomocniczy (pododdziały zaopatrzenia, dowodzenia, wyszkolenia). Wszystkie te jednostki organizacyjne do listopada 1943 r. podlegały wprost komendantowi obozu. Później jednak, po podziale KL Auschwitz na trzy części (Auschwitz I – Stammlager, Auschwitz II-Birkenau i Auschwitz III – Aussenlager z siedzibą w Monowicach) każda z nich otrzymała osobnego komendanta i po kilka kompanii wartowniczych. Za funkcjonowanie obozu jako całości odpowiadał jednak komendant Auschwitz I, będący jednocześnie dowódcą garnizonu. Wydzielony batalion wartowniczy jako osobna struktura istniał jeszcze do maja 1944 r., kiedy to utworzono trzy bataliony wartownicze przy każdej z części KL Auschwitz, zmieniając jednocześnie numerację kompanii w Birkenau i Monowitz.
W listopadzie 1944 r. miała miejsce kolejna reorganizacja: batalion w Birkenau rozwiązano, a jego kompanie podporządkowano batalionowi wartowniczemu w obozie macierzystym.